Вплоть до 15 ноября 2016 года переписчики работали в труднодоступных районах, транспортная связь с которыми в июле – августе была затруднена или невозможна: в Республике Саха (Якутия) и Чукотском автономном округе, Ханты-Мансийском автономном округе. В Архангельской области последними участие в переписи приняли село Койда и деревня Майда. В Красноярском крае крайней точкой статистического наблюдения стали входящие в Таймырский Долгано-Ненецкий муниципальный район городские поселения Дудинка и Диксон, а также сельские поселения Хатанга и Караул.
Основной этап Всероссийской сельскохозяйственной переписи 2016 года прошел с 1 июля по 15 августа 2016 года. На отдаленных и труднодоступных территориях, транспортное сообщение с которыми в это время затруднено, переписные мероприятия проходили с 15 сентября по 15 ноября 2016 года.
По данным оперативного мониторинга Росстата, в ходе летнего этапа переписи были собраны подробные статистические данные по 36,4 тыс. сельскохозяйственных организаций, 174,8 тыс. крестьянских (фермерских) хозяйств и индивидуальных предпринимателей, 18,2 млн личных подсобных и других индивидуальных хозяйств граждан, 76,3 тыс. некоммерческих объединений граждан.
Подробные предварительные данные переписи Росстат планирует представить в IV квартале 2017 года. Окончательные же итоги Всероссийской сельскохозяйственной переписи подведут к концу 2018 года. Вся информация будет размещаться в открытом доступе на официальном сайте Росстата.